De zogeheten Permadeath-optie betekent dat wanneer personages doodgaan, ze ook voor de rest van het spel niet meer beschikbaar zijn. Dit was eerst standaard de regel in Fire Emblem-games, maar in de game voor DS konden spelers er ook voor kiezen om het uit te zetten. Ook de 3DS-titel bevat deze mogelijkheid.
Fire Emblem 3DS bevat verder veertig verschillende kla en en drie soorten moeilijkheidsgraden: normal, hard en lunatic. Onlangs werd ook aangekondigd dat spelers in Fire Emblem Awakening de mogelijkheid krijgen om een eigen personage te creëren. Ook biedt het nieuwe Dual-systeem de optie om twee personages die naast elkaar op het slagveld staan elkaar te laten a isteren. Wanneer Fire Emblem voor 3DS in Europa verschijnt, is nog niet bekend, in Japan verschijnt de game halverwege april.