In Prototype kun je zelf kiezen wie goed en wie slecht is, maar nadat we de de trailer hebben bekeken, krijgen we toch de indruk dat iedereen slecht is. Alex, de anti-held in Prototype, laat namelijk maar weinig mensen in leven. Toch biedt Prototype de gamer wel de keuze om zijn eigen weg te volgen. Een weg die uiteindelijk leidt naar het antwoord op de vraag waarom je toch al die gemuteerde superkrachten hebt.