De Kriegsmarine wist met de U-boten de Amerikanen en Engelsen het leven goed zuur te maken. De U-boten waren vooral in het begin van de oorlog lastig te traceren, en beheersten een groot gedeelte van de Atlantische oceaan. De onderzeeboten kwamen zelfs tot de Amerikaanse kust en de Golf van Mexio. Later verbeterde de tactieken van de Geallieerden en sloegen deze hard terug. In totaal wisten de Geallieerden 743 U-boten tot zinken te brengen en verloren 33.000 bemanningsleden het leven. Niet echt de meest vrolijke setting, maar wel één waar wat mee te doen is.
De oorlog trijd in Silent Hunter 3 speelt zich af tu en 1942 en 1945. In deze periode ontwikkelden de Duitsers de U-boten steeds verder, wat uiteraard ook in het spel is uitgewerkt. In totaal krijg je in Silent Hunter 3 de beschikking over een tiental U-boten van een viertal verschillende types. De types hebben de cryptische naamgeving type II tot type XXI en de exacte verschillen tu en de types leer je tijdens het spelen. Voor je triviant kennis, de U-Boat in Das Boot is een Type VII-C.
Silent Hunter III bevat een aantal speelmodes voor kapiteins in spé. Om te beginnen is er een campagne, waarin je groeit van groentje tot de ultieme onderzeekapitein. Je kunt in een aantal jaren beginnen met verschillende havens en boten. Vanuit dit begin groei je door mi ies te volbrengen, waarmee je in steeds hogere rank groeit. Door te stijgen kun je bemanningsleden promoveren, betere apparatuur kopen en zelfs nieuwe U-boten bemannen. Door je bemanningsleden te promoveren, krijg je langzaam een goed getrainde crew en wordt je U-Boot het dodelijke wapen waar Churchill zo bang voor was.