Ratchet en Clank keren in dit derde deel terug naar het universum uit het eerste deel. De vijand van dienst is Dr. Nefarious, een robot die al het organische leven uit wil roeien. Om dit doel te bereiken heeft hij de hulp ingeroepen van de Tyhrranoids, organische wezentjes die te dom zijn om zich te realiseren waar ze mee bezig zijn. Dankzij het succes dat Ratchet & Clank hadden in het tweede deel, heeft Clank een eigen tv-serie gekregen. Onder de naam Secret Agent Clank is het schattige robotje een beroemdheid in het hele universum. Clank is echter bereid om, nu er nieuw gevaar dreigt, zijn rol in de tv-serie even te laten voor wat het is en samen met z'n kameraad Ratchet het kwaad opnieuw te bestrijden.
Ratchet & Clank 3 is zo mogelijk nog grappiger dan de twee voorlopers. Heel het spel zit doorspekt met briljant ontworpen karakters, die elk zo hun eigen tics hebben. Zo wil Dr. Nefarious in een woedeopwelling nog wel eens op tilt slaan en geluiden uit een soapserie laten horen. Hij dient vervolgens door zijn trouwe bulter met een flinke mep opnieuw geactiveerd te worden. Ook zijn de parodiërende filmpjes nog steeds van de partij en wordt onder andere de draak gestoken met Britney Spears, die in de hoedanigheid van een gemene, talentloze robotzangeres het leven van Ratchet en Clank zuur probeert te maken. Tijdens de bo fight met deze robo-babe roept ze bij elke rake aanval “Oops, I did it again!”. Dit zijn slechts enkele van de vele leuke karakters in het spel. Ook een groot aantal karakters uit voorgaande delen zijn weer van de partij, waaronder natuurlijk de arrogante superheld Captain Qwark, de skater Skidd McMarxx, de Duitse robotvrouw Helga en Big Al, de techneut van dienst. Ook qua planeten zal je trouwens een aantal bekende locaties opnieuw mogen bezoeken.
Op het gebied van gameplay is er niet al te veel veranderd aan Ratchet & Clank 3. Het is nog steeds een platformgame met een grote nadruk op het gebruik van wapens en gadgets. Natuurlijk is het arsenaal opnieuw flink uitgebreid en verbeterd. Qua gadgets blijft men trouw aan de meeste, vertrouwde dingen, zoals het helikoptertje voor een langzame afdaling, de magnaboots om tegen muren op te lopen, de chargeboots voor snel vooruit bewegen en het slingshot, waarmee je op bepaalde plaatsen heen en weer kunt slingeren.
Een van de nieuwe gadgets is de Refractor, waarmee je een laserstraal kunt afbuigen. Deze gadget wordt vooral gebruikt voor het oplo en van puzzels, waarbij je de laser via verschillende omwegen naar een bepaald doel moet afbuigen. Je kunt de laserstraal echter ook prima gebruiken om tegenstanders mee om zeep te helpen. Een andere, leuke gadget is de Tyhrraguise, een vermomming waarmee je je ongezien tu en de Tyhrranoids kunt begeven. Je zal zelfs zwaar grappige gesprekken met de Tyhrranoids aan kunnen knopen, bijvoorbeeld om ze te vragen of ze de deur voor je open willen doen.