De eerste game waarmee de meeste mensen Nexus zullen vergelijken is ongetwijfeld Homeworld. Hoewel er op het eerste gezicht de nodige overeenkomsten zijn, beide games zijn namelijk driedimensionale science-fiction games met ruimtegevechten, is de gameplay van Nexus niet te vergelijken met Homeworld. Waar Homeworld elementen als grondstoffen oogsten, onderzoek doen en units bouwen bevat, zijn deze elementen in Nexus geheel afwezig. De gameplay richt zich namelijk volledig op tactische ruimtegevechten, waarbij de speler met de aan hem toegewezen vloot de mi ie moet zien te voltooien. De nadruk ligt hierbij op het micromanagement van een relatief klein aantal schepen, waarvan de configuratie voor het begin van de mi ie aan de wensen van de speler aangepast kan worden.

Het verhaal in Nexus: The Jupiter Incident begint wanneer er in 2067 plotseling een wormhole verschijnt in de buurt van de aarde. Aangezien de mens van nature nieuwsgierig is, besluit men een enorm schip te bouwen en te onderzoeken wat er aan de andere kant van dit wormhole is. Als kapitein van Noah's Ark kiest men de beroemde Richard Cromwell, de eerste mens die in de ruimte geboren werd. Zoals zo vaak, gaat echter niet alles goed; het wormhole sluit zich juist op het moment dat het schip erdoor reist. Men beschouwd Noah's Ark als verloren en gaat ervan uit dat alle mensen aan boord in de ramp omgekomen zijn.

Jaren later is Richard Cromwells zoon Marcus opgegroeid en is hij inmiddels een kapitein in de ISA. Deze opvolger van de VN heeft in de jaren volgend op de ramp met de Noah's Ark veel macht verloren; inmiddels maken megacorporaties de dienst uit. Marcus raakt betrokken in een conflict tu en de ISA en deze corporaties, en wordt met schip en al opgeblazen. Door een speling van het lot overleeft hij het verlies van zijn schip en zweeft hij jaren in bevroren toestand door de ruimte. Op een dag wordt hij door een reddingsvaartuig van de Spacetech corporatie opgepikt en wordt hem na gereanimeerd te zijn een baan aangeboden. Hij wordt met zijn schip Stiletto naar de Jupiter sector gestuurd om daar de plotselinge technische vooruitgang van één van de concurrenten van Spacetech te onderzoeken. Kort na zijn aankomst bij Jupiter doet Marcus een ontdekking die invloed zal hebben op het leven van miljarden wezens...