Het spel begint als een vrouw genaamd Din, Zelda bewusteloos in het bos vindt. Ze besluit je mee te nemen, en ze verzorgt je. Op het moment dat je wakker wordt is Din aan het dansen op een feest. Je kijkt eens rond en ziet onder de feestgangers ook oude bekenden zoals Impa, de verzorgster van Prinses Zelda. Iedereen geniet zichtbaar van de danskunsten van Din, en je besluit eens op haar af te stappen. Je danst wat gezellig mee, en het onderwerp van gesprek wordt het kleine driehoekje boven op je hand. Din beweert dat dat driehoekje, mits echt, zou betekenen dat je een erg moedig persoon bent. Verder deelt ze je mede dat zij de Oracle of Seasons is.

Kort na haar openbaring wordt het beeld donker, en vallen er brandende stenen uit de lucht. In de hoek verschijnt Onox of Darkne , die het feest flink verstoort. Door orkanen worden alle feestgangers, op Din en jij na, weggeblazen door wervelwinden. Vervolgens ziet Onox of Darkne jou en Din staan. Hij blaast je weg, en sluit Din in zijn armen. Hij neemt haar mee naar de Temple of Seasons, waar vanuit de kracht van de natuur heerst. Tevens zorgt men daar voor het goed verlopen van de seizoenen; zomer voor herfst en winter bijvoorbeeld. Deze seizoenenloop kan worden veranderd als de Oracle of Seasons in de tempel is, en met Din heeft Onox die. Hij vertelt je dat het altijd zijn grote wens is geweest om de wereld te leiden met donkere regels, en hij ontregelt de seizoenen.

Nadat Onox al zijn duistere plannen uitgebreid aan je heeft voorgelegd, kom je Impa weer tegen. Zij wil Din redden, maar is gewond geraakt door de aanval van Onox, en vraagt jou natuurlijk om het over te nemen.

Je gaat naar de Maku Tree, een 'wijze' boom, die je vertelt dat Onox een Shadow Barrier heeft gemaakt. Deze Shadow Barrier maakt het voor jou onmogelijk om binnen te dringen in de Temple of Seasons, waar Din gevangen zit. Hij vertelt je dat je die Shadow Barrier kunt breken door de 8 E ences of Nature te vinden. Deze E ences vindt je vanzelfsprekend niet zomaar, maar zij liggen verspreid over het hele land. Jouw taak is dus het zoeken van deze E ences om de wereld te bevrijden uit de klauwen van het kwaad.