Het ziet er aan het begin niet bepaald rooskleurig uit voor Jak. Hij is verbannen uit Haven City, de stad die hij eigenhandig van de Metalheads gered heeft. De mensen in Haven City geven hem de schuld van de verdeeldheid die er in de stad heerst en er gaan geruchten dat Jak banden zou hebben met de vijand. Hij wordt achtergelaten in de woestijn buiten de stad. Gelukkig is hij niet moederziel alleen, want Daxter en Pecker, de kleurrijke vogel, zijn hem gevolgd. Maar ook deze lijken niet de helpende hand te kunnen bieden. Net wanneer ze dreigen uit te drogen, worden ze opgepikt door inwoners van een vergeten woestijnstadje buiten Haven City. Aldaar zal Jak moeten bewijzen waardig inwoner van de stad te zijn. Eenmaal daar gevestigd kan hij alsnog proberen terug naar Haven City te keren en zijn reputatie te zuiveren.
Net als in de vorige twee Jak games, is de spelwereld in Jak 3 min of meer een aaneengesloten spelwereld. Deze is onder te verdelen in een grote hoofdlocatie, dit keer bestaande uit de woestijnstad, de woestijn zelf en later ook de straten van Haven City, en de eigenlijke levels die vaak in de gebouwen in deze hoofdlocatie gesitueerd zijn. De hoofdlocatie is vele malen groter dan in Jak 2, maar een stuk overzichtelijker opgebouwd zodat je vrij eenvoudig van de ene mi ie naar de andere mi ie kunt reizen. In de woestijnstad maak je gebruik van een soort van dinosauriër als transportmiddel, in de woestijn zelf staan zwaar bewapende buggies tot je beschikking. In Haven City mag je opnieuw gebruik maken van de hoverende voertuigen.
De plaats waar je heen moet voor je mi ie wordt, vergelijkbaar met Grand Theft Auto, met een icoontje aangegeven op de map. Helaas is het niet altijd duidelijk waarom je precies naar de plaats van het icoontje toe gaat, vooral in het begin is het verband tu en de verschillende mi ies namelijk niet echt duidelijk. Je rijdt op loopt gewoon naar het icoontje en ziet wel wat er gebeurt. De stad zelf heeft helaas ook weinig toe te voegen aan het spel. Je kunt je tijd ook verdoen met wat vrij ronddwalen door de stad en op zoek gaan naar enkele geheimen, maar in tegenstelling tot bijvoorbeeld Grand Theft Auto, valt er in de stad zelf bar weinig te beleven. Gelukkig is het steeds heen en weer reizen minder irritant dan in Jak 2 en de stad en de wastelands komen in een aantal mi ies goed tot hun recht, maar we kunnen ons niet aan de indruk onttrekken dat spel met meer levels en minder stad, allicht beter geweest was.