Giants: Citizen Kabuto speelt zich af op The Island, een wonderbaarlijk mooie planeet met enkele eilanden die zich bevinden in een enorme watervlakte. Deze eilanden worden bewoond door de vredelievende Smarties, kleine figuurtjes met een te groot hoofd en een goed gevoel voor humor. Hun samenleving wordt echter bedreigt door de gemene Sea Reapers, die de Smarties willen gebruiken als slaven. De Sea Reapers zijn een ras wat bestaat uit vrouwelijke magiërs en ze worden geleid door de gevaarlijke en kwaadaardige Queen Sappho. Naast de Smarties (geen speelbaar ras trouwens) en de Sea Reapers leeft ook de mysterieuze Kabuto op het eiland. Deze enorme King-Kong sized reus is door de Sea Reapers gecreëerd om de planeet de beschermen.