Al spelende kom je voor verschillende keuzes te staan die het verloop en einde van het spel beïnvloeden. Het is nog niet bekend hoeveel verschillende eindes het spel kent, maar wellicht is er een soortgelijk systeem als in Overlord, waarbij het percentage goede of slechte daden bepaalt welke van de twee eindes je krijgt. De hele stad is vanaf het begin af aan toegankelijk en zit vol met verzamelvoorwerpen en missies.

In Web of Shadows kun je op ieder moment, met één druk op de knop, wisselen tussen rode en zwarte Spider-man. Ieder van hen heeft eigen sterke en zwakke punten die je kunt benutten in verschillende situaties. Het vechtsysteem is vernieuwd en voelt ontzettend intuïtief aan. Je kunt auto's oppakken en naar tegenstanders gooien, met handen en voeten vechten, spinnenwebben schieten om vijanden te vertragen of ze rond te slingeren en weg te gooien. Ook leuk is de beweging waarbij je eerst een spinnendraad naar je vijand schiet, vervolgens jezelf via die draad met een vliegende trap naar hem toe lanceert en hem tenslotte als surfboard gebruikt. Lekker over de top, maar de speelbaarheid blijft constant goed.

Al naar gelang je voorkeur kun je vijanden op veel verschillende manieren uitschakelen. Het spel genereert ook een soort ervaringspunten waarmee de vechtbewegingen die je vaak gebruikt tijdens gevechten automatisch steeds sterker worden. Nieuw in dit spel is de mogelijkheid om tegen gebouwen op te rennen. Dit  geeft echt een kick, terwijl je jezelf al vechtende langs de gevels omhoog werkt. Gevechten kunnen echt overal plaats vinden. Tijdens onze speelsessie vochten we op de grond, langs gevels en hoog in de lucht, toen we de baas Vulture een kopje kleiner probeerden te maken.

Een veelgehoord punt van kritiek op de laatste paar Spider-man-spellen is de leegte van de stad waar je in speelt. Met dit deel is dat probleem uit de wereld. Dit New York wemelt van de bewoners die Spider-man zullen toejuichen of gillend wegrennen, afhankelijk van je speelwijze. Het gevoel van vrijheid dat je hebt tijdens het slingeren door de stad is groots. Gecombineerd met het gevelrennen en de mogelijkheid om sidekicks zoals Wolverine en Black Cat naast je mee te laten vechten heeft deze Spider-man veel troeven achter de hand. Dit wordt geheid de meest speelbare game uit de franchise tot nu toe.