Obsidian wilde graag een spel maken waarbij de speler echt het gevoel heeft dat zijn keuzes er toe doen. Tijdens het spel zal jou net als in bijvoorbeeld Mass Effect gevraagd worden hoe je een situatie wilt aanpakken. Tijdens een missie kom je een malafide wapenhandelaar tegen. Arresteer je hem? Executeer je hem liever? Of chanteer je hem en laat je hem daarna gaan. Zulke keuzes zullen veel invloed hebben op het verhaal en de personages die erin voor komen.

Je zal spelsituaties telkens op verschillende manieren kunnen benaderen. Nog een voorbeeld. Stel, je komt bij een gebouw waar een marinier op wacht staat bij de ingang. Je hebt dan meerdere opties om het gebouw binnen te komen. Ten eerste kun je naar de wacht toelopen en hem verbaal proberen over te halen om jou door te laten. Als je liever niet gezien wordt, kun je ook om het gebouw heen sluipen en stiekem de achteringang nemen. Als derde optie kun je natuurlijk ook gewoon een kogel tussen de oren van de wacht schieten en daarna doodleuk via de hoofdingang het gebouw betreden. Met de laatste optie moet je een beetje oppassen, want later in het spel zul je ook moeten werken met en voor bepaalde organisaties, waaronder de marine. Die houden er uiteraard niet van als je hun mariniers omlegt.

In je schuilplaats kun je tussen de missies door allerlei dingen doen. Bijvoorbeeld je vaardigheden en wapens opwaarderen en je uiterlijk veranderen. Op de televisie die in je schuilplaats staat worden nieuwsuitzendingen getoond die betrekking hebben op jouw acties. Indien je in een bepaalde missie lekkere chaos hebt gecreëerd, zie je dat terug op de televisie.

Alpha Protocol geeft je veel vrijheid om van alles aan te passen. Al je wapens zijn op te waarderen en naar wens uit te rusten met extra onderdelen. Daarnaast kun je het uiterlijk van Michael naar hartenlust aanpassen. Niet zo extreem als in bijvoorbeeld het aankomende Saints Row 2, maar wel behoorlijk uitgebreid. Tijdens het voorbereiden van je komende missie kun je bijvoorbeeld besluiten om een ambassade te infiltreren als personeelslid. Daarvoor zul je handige outfits ter beschikking hebben. De veranderingen zijn niet alleen cosmetisch. Als je voor een stealth-pak kiest zul je uiteraard minder goed zichtbaar zijn voor je tegenstanders. Heb je liever een combat-pak, dan ben je beter bestand tegen kogels en kies je voor een tech-suit dan heb je meer vakjes voor bijvoorbeeld granaten en andere handige items tot je beschikking. Naast je wapens en kleding kun je ook bepaalde vechtvaardigheden opwaarderen. Hiervoor gebruik je skillpoints die je tijdens de missies verdient. De upgrades van je combat-vaardigheden kunnen al naar gelang jouw keuzes variëren van critical hits tot bullet time chain attacks.

Als je besluit om de missies op een actievollere manier aan te pakken krijgt het spel wat meer shooter-trekjes. Ook hier kwam gelijk de gedachte aan Mass Effect boven. Schieten vanuit een derderpersoons perspectief en een aiming reticule dat al naar gelang je accuracy-vaardigheidsniveau sneller of langzamer klein wordt als je op een vijand richt. De actie was snel en soepel en veel van de omgeving kan kapot. Al met al is dit een erg veelbelovende titel die we tot zijn release in februari 2009 goed in de gaten zullen houden.