In A Link to the Past op de SNES konden spelers gedurende de game wisselen tussen de normale spelwereld en een alternatieve versie, genaamd de Dark World. Dit mechanisme keert volgens Aonuma weer terug in A Link the the Past 2. Verdere details over dit element kon hij nog niet kwijt.

Aonuma vertelde tijdens het interview ook hoe het ontwikkelteam op het idee van een getekende Link kwam. Gedurende het spel kan de held als tekening op muren verschijnen en zich zo voortbewegen. Dit idee ontstond in de Nintendo 64-game Ocarina of Time, waarin Link's aartsvijand Ganondorf zich in de Forest Temple voortbeweegt op verschillende schilderijen aan de muur. "Wat als Link dezelfde kracht zou hebben", vroeg Aonuma zich af.

De ontwikkelaar liet ook weten dat het 3D-effect van de 3DS een belangrijke rol in A Link to the Past 2 gaat spelen. Hoewel spelers ook de keuze hebben om het 3D-effect uit te zetten op de handheld, en Aonuma daar begrip voor heeft, krijgen spelers die het 3D-effect niet gebruiken niet de volledige ervaring.