In de game kunnen spelers zelf bepalen in welke volgorde kerkers worden doorlopen. Hoewel de kerkers nog steeds puzzels bevatten waar items voor nodig zijn om ze op te lossen, liggen alle items al vanaf het begin te koop in winkels. Op deze manier moet de structuur van Zelda-games op de schop genomen worden. Ook komen er verschillende manieren om puzzels op te lossen.