Fall of the Samurai speelt zich af tijdens de opkomst van de industriële revolutie in 1863, waarin Britse, Franse en Amerikaanse militaire grootmachten Japan binnenvallen met modernere, machinale wapens. De speler krijgt de keuze om te strijden voor de opkomende keizerlijke macht of het oude Shogunaat.

De uitbreiding bevat zes nieuwe speelbare clans, een grotere en verbeterde campagnekaart met nieuwe provincies, nieuwe ontwikkelingspaden voor gebouwen en technologie en toevoegingen als spoorwegen en zeebombardementen. Ook zijn er zowel op land als op zee diverse nieuwe eenheden beschikbaar.

Verder bevat de uitbreiding drie nieuwe soorten agenten op de campagnekaart, vier nieuwe historische scenario's, een nieuw mechanisme voor belegeringen en een uitgebreide multiplayermodus. Wat er precies is toegevoegd aan de multiplayer, is niet bekendgemaakt door Sega.