Surgeon Simulator staat bekend om zijn met opzet onhandige besturing. Het is vrijwel onmogelijk om de handen van de chirurg met precisie te besturen. De operaties mislukken dan ook vrijwel altijd.

De consoleversie van de game past de besturing significant aan. Zo kunnen de handen worden bewogen door de controller te kantelen en bewegen spelers hun vingers met de schouderknoppen. Volgens de ontwikkelaar wordt deze versie door de bewegingsgevoelige besturing de meest grappige tot nu toe. Er is nog niets bekend over een releasedatum.