Spelers hebben nu de mogelijkheid om hun personage te selecteren vanuit het statistiekenmenu. Daarnaast kan men door het voltooien van verschillende taken, zoals het verzamelen vanduizend kratten of vijfduizend vijanden afknallen, vijf extra personages vrijspelen, waaronder Super Meat Boy's Meat Boy. Daarnaast wordt er een nieuw personage vrijgespeeld als er bij elkaar opgeteld veertig miljoen kratten zijn verzameld.

De besturing van het spel heeft ook enkele aanpassingen gekregen. Vlambeer, de ontwikkelaar, heeft op basis van feedback van de gebruikers een 'Jump & shoot'-mogelijkheid toegevoegd en de optie ingebouwd om de spring- schietknoppen te verwisselen.