In Steel Diver kunnen spelers in een drietal modi aan de slag. In Mission moeten opdrachten worden voltooid terwijl vijandelijke schepen moeten worden ontweken. De modus Periscope Strike maakt gebruik van de ingebouwde gyroscoop van de Nintendo 3DS en vraagt van spelers om hun handheld rond te draaien om schepen op te sporen en vervolgens tot zinken te brengen. De derde modus, Steel Commander, is speelbaar via Download Play met meerdere personen of alleen tegen de computer. Dit is een variant van het welbekende spel Zeeslag.