De achievement heet de Justin Bailey-challenge en refereert naar het wachtwoord in de orginele Metroid waarmee je de game kunt spelen met Samus Aran in badpak. Shadow Complex beloofde aanvankelijk zo'n tien uur gameplay, maar moet voor de echte doorzetter dus binnen twee zijn uit te spelen.

Master Challenges

Shadow Complex bevat daarnaast een aantal Master Challenges, die het spel dezelfde uitdaging en herspeelbaarheid moet geven als de Metroid-games.