De manier waarop voetbalspelers in de Inazuma Eleven-games met de vinger of stylus van de Nintendo DS bestuurd kunnen worden, zou teveel weghebben van een patent dat Sega bezit. Sega eist dat de acht verschenen games in de reeks niet meer verkocht mogen worden en dat Level-5 ongeveer 8,4 miljoen euro aan schadevergoeding betaalt.
Level-5 is van plan om de aanklacht aan te vechten, maar wil verder nog niet reageren. De studio is naast de voetbal-RPG Inazuma Eleven ook verantwoordelijk voor de Profe or Layton-titels en de aankomende RPG Ni No Kuni.