Risen 2: Dark Waters combineert de role-playing gamemechanieken uit het eerste deel met een piratensetting en stuurt de speler naar verschillende eilanden. Op elk avontuur kiest de speler zijn eigen aanpak, wat ook gevolgen heeft voor hoe de spelwereld zich ontwikkelt.

Risen 2: Dark Waters speelt zich jaren na het einde van het origineel af. Het einde van de mensheid is nabij nadat titanen de wereld verwoest hebben. Monsters zijn uit de diepten van de oceanen gekomen en vallen alle schepen aan die de wateren durven te trotseren. De hoofdrolspeler, nu lid van de Inquisitie, wordt op pad gestuurd om te onderzoeken wat deze wezens kan stoppen.