Voor de 3DS-versie worden alle omgevingen volledig in 3D weergegeven, maar moet de stijl van het originele spel wel intact blijven. Dit zegt de bedenker van het spel, Daisuke 'Pixel' Amaya in een interview met de website GamesRadar. Volgens hem blijft het spel een ware "2D side-scrolling actiegame". Voor het 3DS-deel is bovendien het originele PC-deel als basis genomen, in plaats van de WiiWare-game uit 2009.
De remake voor Nintendo 3DS krijgt ook nieuwe content. Zo bevat de game nieuwe verborgen extra's "waar de fans van de game blij mee zullen zijn." Daarnaast moet het spel langer worden door de toevoeging van een aantal nieuwe levels. Het is nog onduidelijk of Cave Story 3D een downloadbare game gaat worden, net zoals de eerdere versies. Een Europese lancering is ook nog onduidelijk.
Ander project
Naast Cave Story geeft Amaya in het interview aan dat hij momenteel ook aan een ander project werkt. "Sinds ik samenwerk met [ontwikkelaar] Nicalis, heb ik wat meer vrije tijd over. Dus ik ben aan een project aan het werken, een orginele nieuwe game, maar niets is echt klaar." Volgens Amaya kan hij op dit moment niets aankondigen, maar moeten er, naarmate de tijd verstrijkt, verschillende updates op zijn website verschijnen die meer licht op het project laten schijnen.