De Steam-versie van het spel is op een aantal vlakken aangepast. The Grimp, het hoofdpersonage, kan nu direct terug naar zijn laatste rustpositie in het spel. Ook kan het spel nu opgeslagen worden in elke tuin. De versie voor Steam bevat daarnaast de Encore-uitbreiding.

Mensen die de game kopen wanneer hij net uit is, ontvangen een korting van twintig procent. PixelJunk Edens volledige soundtrack is daarnaast los verkrijgbaar voor 5,99 euro. Op deze soundtrack staan ook een aantal nummers die niet in de game te vinden zijn.