De versie is ietwat gelimiteerd, in die zin dat et niet in alle gebieden mogelijk is te spelen met PC-spelers van de game. Vita-spelers kunnen ook geen verbinding maken met het spel wanneer ze offline zijn. De free-to-play-versie wordt gelinkt aan het PSN-account dat op de geheugenkaart aanwezig is.

Het is nog niet bekend of Phantasy Star Online 2 ook buiten Japan gratis wordt voor Vita-gebruikers.