Hoewel de coöpmodus losstaat van de singleplayer, wordt de verhalende modus wel beïnvloed door de coöp. Spelers hebben invloed op de uitkomst van verhaal via het Galaxy at War-systeem. Galaxy at War bestaat uit de coöpmodus en enkele andere, nog niet aangekondigde, platformen en interfaces waarmee de zogenaamde "Galactic Readiness" (galactische paraatheid) van de singleplayercampagne kan worden beïnvloed. BioWare benadrukt dat Galaxy at War volledig optioneel is en dat de singleplayer ook uitgespeeld kan worden zonder deze toevoeging.

Gamers spelen de coöperatieve modus met personages die ze zelf creëren, waarbij ze de keuze hebben uit verscheidene rassen en vaardigheden. Commander Shepard en zijn teamleden zullen dus niet hun opwachting maken in deze modus. "Commander Shepards rol in de oorlog is in de singleplayercampagne, net als die van andere geliefde personages in de franchise zoals Garrus, Ashley en Liara... deze personages komen niet voor in de multiplayermissies", legt BioWare uit.