De proloog verschijnt op PlayStation 3, PS4, Xbox 360 en Xbox One en moet een voorproefje bieden op het vijfde deel in de reeks. Kojima gaf middels één van de trailers ook duidelijkheid over een exclusieve Xbox-missie genaamd Jamais Vu. Hierin wordt een Cubaanse basis aangevallen door vreemde wezens en is het aan de cyborg Raiden om een einde aan de invasie te maken.

Eerder werd al bekendgemaakt dat de PlayStation-versies van de game ook een exclusieve missie krijgen: spelers kunnen ervoor kiezen om met de klassieke Solid Snake uit de eerste Metal Gear Solid te spelen. Het is niet bekend of dit verder iets aan de gameplay verandert.