Het principe van Picross 3D is simpel: je begint met een kubus. Hierop staan getallen die aangeven hoeveel blokken zich bevinden in de kolom onder het getal. Door deze cijfers uit de verschillende van de kubus te combineren, kun je steeds meer blokken wegwerken totdat je een figuurtje overhoudt. Deze zal vervolgens in al zijn blokkerigheid tot leven worden gebracht.

Picross 3D wordt ontwikkeld voor de Nintendo DS en zal door Nintendo zelf worden uitgebracht. Wanneer het spel verschijnt is nog niet bekend.