Kojima vertelt dat hij de game graag zou maken op de nieuwe game-engine die zijn studio, Kojima Productions, heeft ontwikkeld: de Fox Engine. "We willen [Zone of the Enders 3] ook graag maken, we hebben alleen de mensen niet om eraan te werken", aldus Kojima. Hoewel de ontwikkeling van ZoE 3 momenteel niet op de planning staat, komt er in 2012 wel een collectie met HD-remakes van de eerste twee games uit de serie. Die bundel komt uit voor PlayStation 3 en PlayStation Vita.