De bedoeling van de game is om een boerderij te beheren en een leven als boer op te bouwen. Belangrijke taken zijn het verbouwen van gewassen en het verzorgen van dieren. Dit alles gebeurt in een serene, vrolijke fantasiewereld, die op een tekenfilmachtige manier is vormgegeven.

Dit deel van de Harvest Moon-franchise draait om de zogenaamde Harvest Tree op Waffle-eiland. De boom is dood en met het overlijden van de boom zijn de zogenaamde Harvest Sprites ook verdwenen. Het is jouw taak om de de Harvest Sprites weer terug te laten keren en alles weer in orde te maken.