Ghost Trick kreeg te kampen met problemen in verband met compatibiliteitupdates. Spelers konden in Ghost Trick de eerste drie hoofdstukken van het spel spelen. Hoofdstukken erna konden worden aangeschaft via de in-app store. Dit laatste zorgde voor problemen, waardoor het spel kapot ging en niet meer kon worden gespeeld.
Capcom heeft het spel uiteindelijk volledig verwijderd uit de App Store. Dit betekent dat de game ook niet meer te vinden is in de downloadgeschiedenis van mensen die het spel hebben aangeschaft. Eind september werd BioShock voor iOS ook verwijderd uit de App Store. Voor deze game gold ook al dat de game niet opnieuw te downloaden was voor diegenen die het spel hadden gekocht.
Het is nog onduidelijk of het spel opnieuw wordt uitgebracht in de toekomst, of dat het voorgoed verwijderd is.