Het blijkt echter ook dat de game niet verbonden is met de andere tijdlijnen uit de serie. Zoals beschreven staat in Hyrule Historia zijn de games verdeeld over drie tijdlijnen: een over de jonge Link, een over de oude Link en een 'Fallen Hero'-tijdlijn.
Japans tijdschrift Famitsu vroeg Breath of the Wild-regi eur Hidemaro Fujibayashi en serie-bedenker Eiji Aonuma voor opheldering. Beide bevestigen dat de game zich afspeelt aan het einde van een tijdlijn, maar dat het niet vaststaat welke. Daar voegt Aonuma aan toe:
"De geschiedenis van Hyrule verandert met de tijd. Als we nadenken over de volgende game dan denken we: oh, dit past prima, en dan plaatsen we het precies in de tijdlijn. Soms denken we ook: oh shit, en dan moeten we de volgorde veranderen."
Tot slot is de Fallen Hero-tijdlijn aangepast. Link's Awakening speelt zich nu officieel af voor de Oracle-games op de Game Boy.