Bij een van de eindes van Ma Effect 3 is een personage te zien dat naar adem hapt. BioWare heeft bevestigd dat het inderdaad om commander Shepard gaat, waarmee de ontwikkelaar ruimte openlaat voor een toekomst in het Ma Effect-universum waarin hij nog leeft. In de andere eindes is dat sowieso niet het geval
Tully Ackland van BioWare zegt het volgende over het einde: "In het 'Shepard lives"-einde zie je dat de liefde van Shepard aarzelt om zijn naam op de muur te schrijven, waarna ze in plaats daarvan in gedachten verzonken omhoog kijkt. Hiermee wordt gesuggereerd dat ze nog niet kan geloven dat Shepard dood is. De laatste scene toont aan dat ze gelijkt heeft. Wanneer de Normandy opstijgt, is er hoop dat Shepard en zijn liefde weer bij elkaar komen."