De app die naar iOS en Android komt, functioneert hetzelfde als de telefoon die hoofdpersonage Aiden Pearce heeft. Hiermee kunnen spelers camera's en andere apparatuur in de stad hacken, personages volgen of de kaart en informatie over de stad bekijken.
Ook spelers die beide op hun eigen console of pc zitten, kunnen deelnemen aan een multiplayerstand, waarbij Guay benadrukt dat het niet gaat om een traditionele variant van bijvoorbeeld Team Deathmatch of Capture the Flag. Spelers van Watch Dogs kunnen tijdens het spelen van de singleplayer andere spelers tegenkomen die ze bijvoorbeeld moeten volgen of moeten hacken. Ubisoft laat daarnaast een beperkt aantal spelers per speelse ie toe in de stad, omdat de spelwereld anders een puinhoop kan worden. Er kan ook voor gekozen worden om dit uit te zetten en de game geheel offline te spelen.