Het verhaal is niet meer dan een draad om het spel aan op te hangen. Het komt er uiteindelijk simpelweg op neer dat je als speler naar de meest vreemde locaties moet reizen om daar apen te vangen met je schepnetje en tu endoor zal je de Monkey Five moeten verslaan, vijf extra sterke apen die Specter moeten beschermen.
Ape Escape 2 is een rasechte platformgame. Je bedient Hikaru vanuit derde persoons perspectief en je kan van platform naar platform springen, jezelf ophijsen aan muren en de nodige gadgets hanteren. Ieder level is vaak opgebouwd uit een aantal kamers alwaar je de nodige apen zal moeten zoeken. Natuurlijk loopt er ook het nodige gespuis rond om je het leven zuur te maken, van kanaries en uilen tot varkens en pinguïns.
Dit gespuis kan je om zeep helpen met een ruim arsenaal aan gadgets. Je begint met enkel een schepnetje en een honkbalknuppel. Met het schepnetje kan je apen vangen door de rechter analoge stick te duwen in de richting van de aap die je wil vangen. Het voordeel is dat je zo 360 graden om je heen apen kan vangen en je jezelf niet eerst hoeft om te draaien in de richting van de aap. Hetzelfde geldt voor de honkbalknuppel, al dient deze er niet voor om apen te vangen maar om tegenstanders uit te schakelen. Een of twee rake klappen zijn vaak genoeg om een vijand om zeep te helpen.
Naarmate je vordert krijg je steeds meer nieuwe gadgets tot je beschikking. Zo krijg je op een gegeven moment een hoelahoep die je in staat stelt om een paar seconden hard te rennen. Wanneer je op topsnelheid bent kan je tegenstanders om zeep helpen door simpelweg tegen ze aan te rennen. Ook kan je middels de hoelahoep veel beter tegen schuine hellingen op rennen. Leuk is ook dat je de hoelahoep dient te activeren door de rechter analoge stick te roteren waardoor de hoelahoep feeling goed wordt overgebracht.
Verder kan je nog een hele reeks andere originele gadgets verwachten. Bijvoorbeeld een klein propellertje om in echte Rayman stijl op een hoger gelegen platform te komen of grotere afstanden te kunnen overbruggen, een RC Car om op plekke te komen waarvan de doorgang voor Hikaru zelf te klein is, en een Monkey Radar waarmee je kan zien in welke richting die ene, onvindbare aap zich heeft verstopt. De meeste objecten waren reeds in de eerste Ape Escape te vinden maar er zijn er ook een aantal helemaal nieuw, waaronder het water pistool en de Banana Boomerang.