De Master Quest-versie van Ocarina of Time werd oorspronkelijk in 2003 uitgebracht voor de Nintendo GameCube en is in feite hetzelfde avontuur als Ocarina of Time, maar met aangepaste kerkers. Hoewel de layout van de kerkers hetzelfde is gebleven, zijn de routes en puzzels aangepast om ervaren spelers een nieuwe uitdaging te bieden.

In Master Quest wordt er vanuit gegaan dat de speler de originele game al heeft uitgespeeld en daarom wordt er aanzienlijk minder uitleg gegeven over hoe sommige elementen werken. Deze versie is mede daardoor moeilijker dan het origineel. The Legend of Zelda: Ocarina of Time voor 3DS komt in juni, maakte Nintendo onlangs bekend. Of dat alleen voor de Verenigde Staten geldt, of een wereldwijde release betreft, is nog onduidelijk.