Rosman vertelt dit in reactie op de vraag waarom Prototype 2 om een ander personage draait dan het eerste deel. "Als we de serie niet aan één personage binden, dan betekent dat dat we ook niet gebonden zijn aan een specifieke locatie. Dit geeft ons vrijheid om een 'pipetaanpak' toe te passen; hierin kunnen we het virus in iedere situatie zetten en kijken waar het ons naartoe brengt."

Hoewel Prototype 2 een direct gevolg is op het eerste deel, ook een derdepersoons actie-adventure-game is en zich ook in New York afspeelt, hoeft dit volgens Rosman niet altijd zo te zijn. "Dit betekent dat Prototype in de toekomst meerdere genres kan omvatten; het kan bijvoorbeeld zijn opwachting maken in een first-person shooter met een militaire eenheid ergens in de jungle."

Prototype 2

Wanneer sergeant James Heller vanuit Irak naar Manhattan terugkeert, ontdekt hij dat zijn vrouw en kinderen zijn gedood door het Blacklight-virus. Heller gaat richting het epicentrum van het virus om daar tijdens een zelfmoordmissie zoveel mogelijk mutanten te vermoorden. Voordat hij sterft redt Alex Mercer, de hoofdrolspeler uit het eerste deel, Heller door hem te infecteren met Blacklight.

Heller houdt Mercer verantwoordelijk voor het verspreiden van het virus - en dus voor de dood van zijn gezin - en gaat op zoek naar wraak. Door Mercers toedoen beschikt ook Heller over bovennatuurlijke krachten; hij kan tegen gebouwen oprennen, enorme sprongen maken en zijn armen veranderen in dodelijke wapens. Prototype 2 komt in 2012 uit voor PC, PlayStation 3 en Xbox 360.