In Prototype 2 worden spelers voorgesteld aan een nieuw hoofdpersonage, sergeant James Heller, die moet proberen om een eind aan het bestaan Alex Mercer van het eerste deel te maken. Prototype 2 bleek zoals de geruchten al voorspelden de titel te zijn waar naar gehint werd in de 'Murder Your Maker'-campagne die de afgelopen weken is opgezet. Wanneer Prototype 2 precies komt en voor welke platforms is nog niet bekend, wel is er een eerste trailer verschenen.