In PixelJunk Shooter bestuurt de speler een ruimteschip dat in gangenstelsels gevuld met hindernissen, lava en water overlevenden moet zien te redden. Hierbij moet slim gebruik worden gemaakt van de omgeving.

PixelJunk Shooter is de vierde titel in de PixelJunk-serie. Voor deze nieuwe titel verscheen al PixelJunk Racers, Monsters en Eden. Welk prijskaartje er aan het spel gaat hangen is nog niet bekendgemaakt.