De belangrijkste verbetering is volgens Konami de PES FullControl-optie. Dit systeem moet de speler volledige vrijheid over de controle van de bal geven. Zo kan de speler via Dynamic First Touch zelf kiezen hoe hij een toegespeelde bal behandelt. De speler kan bijvoorbeeld gebruikmaken van de snelheid van de pass, de bal stilleggen of met een 'wipje' de bal over het been van de tegenstander liften.

De volledig handmatige schiet- en passoptie geven spelers de controle over de kracht en de hoogte van een pass of schot. Bij een doelpoging moet nu helemaal zelf te bepalen zijn waar het schot geplaatst wordt.

Dribbelen

Verder is het dribbelen in PES 2013 vertraagd, waardoor het meer in lijn is met het echte voetbal. Konami zegt echter wel de variatie in het dribbelen vergroot te hebben, waardoor de speler verschillende opties kan inzetten om de controle over de bal te behouden. Daar tegenover staat dat ook het verdedigen is uitgebreid. Spelers hoeven niet onmiddelijk in te grijpen, maar kunnen ook een aanval afremmen.

Andere veranderingen zijn de individuele persoonlijkheden van sterspelers. Zij hebben een eigen manier van lopen, juichen en schieten. Ook moet een nieuw ProActive AI-systeem ervoor zorgen dat computergestuurde spelers beter de juiste ruimtes inlopen. PES 2013 verschijnt deze herfst.