In de Nintendo Online Store staat allerlei merchandise gerelateerd aan de games van Nintendo te koop, waaronder t-shirts, sleutelhangers en knuffels gebaseerd op de Mario- en Zelda-franchise. Op moment van schrijven laadt de winkel slecht in, mogelijk wegens drukte.
De online winkel was al beschikbaar voor inwoners van het Verenigd Koninkrijk, maar is nu ook voor Nederland, België, Frankrijk, Duitsland, Spanje, Italië en Portugal beschikbaar. In de winkel voor het Verenigd Koninkrijk worden ook games en amiibo verkocht, het is niet bekend of dat uiteindelijk ook in de Nederlandse winkel gebeurt.