Kojima liet weten dat de game van begin tot eind opnieuw in elkaar is gezet en is geoptimaliseerd voor de hardware van de 3DS. Eerder werd al bekend dat de game te spelen is met het Circle Pad Pro-accesoire, dat een tweede draaiknop aan de 3DS toevoegt. Metal Gear Solid: Snake Eater 3D staat gepland voor een Japanse release in het eerste kwartaal van 2012. Wanneer de game naar Europa komt, is nog niet aangekondigd.