''Persoonlijk raak ik ook in de war van de tijdlijn en het verhaal van MGS'', zei hij in gesprek met Eurogamer.net. ''Het is helemaal lastig als je eerst de toekomst maakt, en daarna terug in de tijd gaat om iets nieuws te maken. Er zijn veel kleine details om op te letten en soms komt het net niet helemaal overeen.''

Kojima heeft voor MGS 4 een tijdlijn van elk personage in elkaar gezet, welke hun betrokkenheid bij het verhaal in de serie duidelijk maakt. Verder heeft hij ook alle belangrijke gebeurtenissen in de games in kaart gebracht, zoals het groeiende conflict tussen de VS en de Sovjet-Unie.