Pokémon Trainer Challenge, zoals het onlinespel heet, geeft spelers de beschikking over drie vooraf samengestelde stapels Pokémon-kaarten en kan gespeeld worden tegen maximaal twaalf virtuele trainers in drie verschillende competities. Om het spel online te spelen is een Pokémon Trainer Club-account nodig die gratis aangemaakt kan worden op de officiële website van Pokémon.

Spelers kunnen een eigen virtuele trainer ontwerpen, Trainer Tokens verdienen waarmee ze accessoires kunnen vrijkopen en op de online ranglijsten zien wie de beste spelers zijn. Bovendien kunnen trainers op de website een agenda vinden waar de eerstvolgende kaartspelevenementen in de buurt worden georganiseerd.