Lead designer Isaiah Cartwright vertelt aan IGN dat de Maguuma Jungle uit drie delen bestaat. Het eerste deel bestaat uit het hoogste niveau in de jungle. Deze is bezaaid met alle onderdelen van de vernietigde Pact Fleet. Het tweede deel bestaat uit de begane grond van de jungle en lijkt het meeste op een gewone jungle. Het laatst deel van de Maguuma Jungle bevindt zich onder de grond, tussen de wortels van de bomen. 

Cartwright vertelt dat een progressiesysteem is ontwikkeld dat wat meer wegheeft van consolegames als Metroid en Zelda, waarbij het progressiesytseem natuurlijker aanvoelt. De speler voelt zich meer onderdeel van de omgeving en heeft invloed op de wereld om zich heen. 

Lead mastery design Crystin Cox stelt dat het vechtsysteem in Heart of Thorns enigszins lijkt op die van Zelda. In plaats van een stijgend nummer, geven nieuwe 'tools' de doorslag bij het verslaan van monsters.

Ook zijn er nieuwe npc-rassen toegevoegd; de Itzel. Wanneer spelers de Itzel ontmoeten en punten gaan verdienen in het Mastery System, kunnen ze met dit ras communiceren. Zodoende kunnen nieuwe onderdelen van de game, zoals kooplieden, vrijgespeeld worden.