The Missing Link is een verhalende uitbreiding op Human Revolution en vertelt over hoe hoofdpersoon Adam Jensen gevangen wordt genomen door agenten van de Belltower-organisatie. Zij martelen hem en schakelen al zijn augmentaties uit, waardoor Adam zonder enige hulpmiddelen moet ontsnappen. 

Omdat alle augmentaties zijn uitgezet, zijn spelers vrij om daarna helemaal zelf te kiezen welke daarvan zij weer willen activeren; ze zijn niet gebonden aan de keuzes die ze in het hoofdverhaal gemaakt hebben. The Missing Link verschijnt op PC, PlayStation Network en Xbox Live.