In de 'Animus Project Update 1.0' zit een nieuwe gamemodus voor Brotherhood, namelijk 'Advanced Alliance'. Dit is een nieuwe versie van de oude Alliance Modus die zich richt op rondsluipen en mensen ondervragen. Daarnaast zit er een nieuwe map in, 'Mont Saint-Michel', gebaseerd op het schiereiland van Frankrijk. De map zit vol met smalle straatjes.