De actie-avonturengame Yakuza 4 brengt de speler terug naar Tokio, een jaar na de gebeurtenissen uit het derde deel. Het verhaal begint wanneer een man wordt doodgeschoten in het gebied van de Tojo-clan. Wanneer een kleine bende die behoort tot de Tojo-clan probeert vast te stellen wat er gebeurd is, wordt hun leider doodgestoken. De gebeurtenissen leiden ertoe dat vier mannen strijden om geld, macht, status en eer. De speler stapt in wederom in de schoenen Kazuma, maar ook in die van drie andere personages. De gamer beleeft hun verschillende, maar met elkaar verbonden verhalen. Ieder personage moet zijn eigen missies volbrengen en zal het hedendaagse Tokio op een andere manier meemaken. In deze vechtgame duikt de speler diep in de Japanse stad. Niet alleen komt hij in het centrum, ook worden de metrostelsels, duistere steegjes en daken van Tokio bezocht. Daarbij zullen spelers het in vuistgevechten opnemen tegen vele verschillende tegenstanders.