Picross 3D is de opvolger van het puzzelspel Picross DS. Het grootste verschil is dat de puzzels ditmaal oplost dienen te worden door gebruik te maken van de derde dimensie. In de puzzels is het de bedoeling om uit te maken welke kubussen je weg moet ‘beitelen’ en welke mogen blijven. De speler kan dit bepalen door met kolommen en cijfers al puzzelend te beredeneren welk blokje moet blijven en welke niet. De blokken die over blijven vormen samen een object. De game biedt 350 objecten die al puzzelend gecreëerd kunnen worden. Picross 3D geeft de speler tevens de kans zelf puzzels te creëren en deze te delen met vrienden en familie. Het is zelfs mogelijk mee te doen aan internationale competities door zelfgemaakte puzzels te versturen via het Nintendo Wi-Fi Netwerk. Het netwerk kan ook gebruikt worden om nieuwe en originele puzzels te downloaden.