Naruto: Ultimate Ninja Heroes is gebaseerd op de gelijknamige populaire geanimeerde TV-serie. In het spel kun je met teams van 3 tegen 3 spelen, is er intense singleplayer-actie en een draadloze versusmodus voor twee spelers. Dit gebeurt allemaal in het Naruto-universum waar er 8 interactieve stages zijn en 20 speelbare karakters om uit te kiezen. Naruto: Ultimate Ninja Heroes is een vechtspel dat de spelers de kans geeft om hun ninja-vaardigheden te verbeteren en maakt het mogelijk om je eigen ninjateam te vormen. Daarnaast kun je je karakters sterker maken en door verschillende teamcombinaties te maken kun je de verborgen krachten van de groep gebruiken. Afhankelijk van de combinaties kun je zo speciale teamvaardigheden gebruiken.