Ongeveer 12.000 jaar geleden was het koninkrijk van Atlantis een bloeiend vakantieparadijs. Mooi weer, helder water en een lekker warme temperatuur. Totdat de kippen, ook bekent als de Moorhühner het eiland binnenvielen. De mensen van Atlantis hebben zich na de invasie verstopt en het eiland is weggezonken. Totdat Mr. Moorhuhn een geheim kompas vindt dat hem naar het gezonken eiland leidt. In Moorhuhn: Atlantis moet mr. Moorhuhn rennen, springen en vooral op onderzoek gaan naar de oorzaak van de verdwijning van het eiland en de inwoners. Zijn avontuur brengt hem uiteindelijk naar de bodem van de zee.