Doki-Doki Universe is een interactieve gamewereld waarin spelers een reis maken om het concept van de mensheid beter te begrijpen. Spelers reizen langs verschillende themaplaneten en asteroïden om bizarre personages te ontmoeten en hen beter te leren kennen. De bedoeling is dat spelers ook meer over hunzelf leren. De game bevat de gebruikelijke verhaalmodus, maar ook de Doki-Doki Mail, waardoor spelers berichten naar elkaar kunnen sturen. Ook zitten er verschillende quizzen in de game om de persoonlijkheid van spelers te testen.