In Bomberman Story DS moet je Cheerful White helpen bij het doorzoeken van de vijf verschillende Bomberman-werelden. Er is namelijk wetenschappelijke data gestolen van een organisatie die bekend staat als “The Justice Department”. Op je reis kom je allerlei vreemde personen tegen, maak je vrienden en vecht je tegen vijanden in deze actie-RPG. In de verhaalmodus van Bomberman Story DS moet je veel met andere personages praten, de werelden doorzoeken en vele puzzels oplossen met je stylus en de ingebouwde microfoon. Naast de verhaalmodus is er ook een gevechtsmodus waarin je tegen maximaal acht vrienden kunt spelen. Hiervoor is slechts één versie van het spel nodig. De gevechtsmodus is een klassieke versie van Bomberman waarbij je het zelfs kunt opnemen tegen Bomberman Land Touch!-spelers.